Kurikulum
Kurikulum pondok pesantren Al-Qur'an Al-Bayum merupakan modifikasi dan perpaduan dari beberapa kurikulum; kurikulum Departemen Pendidikan Nasional, Kurikulum Kemenag, dan kurikulum intern pesantren. Untuk pelajaran umum seperti matematika, sains dan ilmu alam, sejarah, ekonomi dan sebagainya, menggunakan kurikulum Depdiknas. Untuk pelajaran agama, menggunakan kurikulum Kemenag, dan kurikulum pesantren salaf (tradisonal) yang memiliki ciri khas dengan pengajian kitab-kitab islam klasik (kitab kuning).
Para santri selain belajar secara formal di kelas, juga dibekali dengan berbagai keterampilan, dan life skill yang diajarkan diluar kurikulum akademik. Misalnya keterampilan berorganisasi, berkebun, komputerisasi, teknologi informasi, kesenian, kemasyaraktan, dan sebagainya. Hal ini dimaksudkan sebagai bekal para santri setelah menyelesaikan studinya dari pesantren untuk kembali ke masyarakat, sehingga mereka mampu berdiri dan tidak menggantungkan nasibnya kepada orang lain.
Kurikulum Al-Bayum
Kurikulum di pondok pesantren Al-Qur'an Al-Bayum tidak hanya berupa mata pelajaran yang diajarkan di kelas, tetapi mencakup seluruh aktivitas santri, baik ketika di kelas, di asrama, di masjid, di kebun, di lapangan olahraga dan sebagainya. Seluruh kegiatan yang dapat mengantarkan pesantren untuk mencapai tujuan pendidikannya , termasuk kurikulum pesantren. Oleh karena itu, dilihat, dan di dengar oleh santri semuannya dimaksudkan untuk pendididkan.
Kurikulum yang digunakan di Pondok Pesantren Al-Qur'an Al-Bayum merupakan perpaduan dari beberapa kurikulum; kurikulum Depag, kurikulum Depdiknas, kurikulum tahsin tahfidz, dan kurikulum pesantren tradisional. Pelajaran umum, seperti matematika, sains dan ilmu alam, sejarah, ekonomi dan lainnya, diambil dari kurikulum Depdiknas. Mata pelajaran agama dan bahasa Arab, seperti tafsir, hadits, aqidah, fiqh, tarikh islam, nahwu, sharaf dan sebagainya, di ambil dari kurikulum Depag, sedangkan pengajian kitab-kitab Islam klasik (kitab kuning) di ambil dari kurikulum pesantren tradisional . selaim itu, dilengkapi dengan berbagai kegiatan ekstra kurikuler dalam beberapa bidang antara lain: komputerisasi, IT (informasi dan teknologi), keterampilan,life skill, kesenian, organisasi, olahraga dan lain-lain.
Sesuai dengan jenjang pendidikan yang ada, yaitu 6 tahun, maka kurikulum Pondok Pesantren Al-Qur'an Al-Bayum diperuntukkan jangka waktu 6 tahun, dari kelas 7 sampai dengan kelas 12. Dengan demikian, tidak terdapat dua kurikulum, misalnya kurikulum tingkat SLTP (3 tahun) dan SLTA (3 tahun), tetapi kurikulumnya terpadu untuk 6 tahun.
Konsekuensi logis dari sistem yang digunakan di Pondok Pesantren ini adalah, santri dinyatakan lulus apabila sudah menamatkan studinya selama 6 tahun di Pondok Pesantren dan atau 3 tahun (dari SMP/MTS). Ijazah Pondok Pesantren dan ijazah-ijazah lainnya hanya akan di berikan kepada santri yang telah lulus, yaitu mereka yang telah menamatkan studinya sampai kelas 12.